Le président et le Bureau
Le Parlement Benelux élit tous les deux ans son Bureau pour les deux années suivantes. Cette élection se tient lors de la dernière séance plénière de la période bisannuelle en cours.
Le Bureau se compose du président et des deux vice-présidents, issus des trois pays, qui appartiennent chacun à une autre délégation nationale. Les présidents sont choisis successivement parmi les délégations belge, néerlandaise et luxembourgeoise.
Le président dirige les travaux du Parlement Benelux, du Bureau et du Comité permanent (voir infra). Il ou elle ouvre, suspend et lève les séances, fait respecter le règlement, maintient l’ordre, donne la parole et met les points aux voix.
Le président représente Parlement Benelux dans ses contacts avec d’autres instances ou avec des tiers.
Le Bureau est chargé de la gestion journalière du Parlement Benelux. Il se réunit chaque fois que sa mission le requiert et en tout cas avant chaque réunion du comité permanent.
Les réunions du Bureau peuvent être élargies aux présidents des groupes reconnus et des délégations nationales.
Jusqu’au 31 décembre 2020, la composition du Bureau du Parlement Benelux est la suivante :
 Pim van Ballekom (Pays-Bas)
Président
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 Patricia Creutz (Belgique)
Vice-président |
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 Gusty Graas (Luxembourg)
Vice-président |
Le Comité permanent
Le Comité permanent se compose des membres du Bureau, des présidents de groupe, des présidents de commission et des présidents des délégations nationales.
Le Comité permanent règle les travaux du Parlement Benelux. Il fixe les dates des séances plénières et les dates réservées pour les réunions des commissions. Il établit le projet d’ordre du jour des séances plénières.
Sur l’avis du comité permanent, le président peut proposer au parlement Benelux de déclarer que la discussion d’un point présente un caractère d’urgence.
Voir : Bureau et Comité permanent
L’Assemblée plénière
Le Parlement Benelux se réunit au moins une fois mais en principe trois fois par an en séance plénière.
Les réunions de l’assemblée plénière se tiennent dans le pays qui exerce la présidence (jusque fin 2018 à La Haye, en 2019 et 2020 au Luxembourg et a partir de 2021 à Bruxelles)
Les séances plénières du Parlement Benelux sont publiques. A la demande du président ou de neuf membres, le Parlement Benelux se réunit à huis clos pour un point de l’ordre du jour donné.
Les membres des gouvernements des trois pays et les personnes désignées par ceux-ci peuvent assister aux sessions plénières du Parlement Benelux et y prendre la parole.
Les membres du Collège des secrétaires généraux de l’Union Benelux (voir ci-après : l’Union Benelux) et les personnes désignées par ceux-ci peuvent également assister aux séances plénières.
Le Parlement Benelux ne peut voter valablement en séance plénière que si une majorité de ses membres sont présents et que chaque délégation nationale est représentée en séance. Les décisions sont prises à la majorité simple des voix. Pour les avis et recommandations, une majorité de deux tiers est requise.
Les commissions
Le Parlement Benelux peut constituer des commissions Les commissions comptent chacune 12 membres, dont 5 membres belges, 5 membres néerlandais et 2 membres luxembourgeois. Les membres empêchés peuvent se faire remplacer par un autre membre du Parlement Benelux.
Les commissions ont pour tâche de délibérer et de faire rapport à l’assemblée plénière sur les sujets, propositions et propositions de recommandation qui leur sont envoyées par le président ou l’assemblée plénière ou qu’elles portent de leur propre initiative à l’ordre du jour.
Les commissions se réunissent en principe à Bruxelles aux dates réservées à cet effet par le Comité permanent. Elles peuvent décider de se réunir ailleurs ou à d’autres dates.
Les réunions des commissions ne sont en principe pas public. Les membres du Parlement Benelux peuvent participer aux réunions des commissions dont ils ne sont pas membres avec voix consultative.
Avec l’accord du Comité permanent, les commissions peuvent organiser des auditions publiques.
Chaque commission a un président et un vice-président qui appartient de préférence à une autre délégation nationale et à un autre groupe que le président.
Le Parlement Benelux compte actuellement sept commissions. Trois sont présidées par un président belge, trois par un président néerlandais et une par un président luxembourgeois.
Voir : Commissions, Groupes de contact
| Commission | Compétences |
| Coopération transfrontalière | coopération dans les régions frontalières |
| Economie, Agriculture et Energie | économie, énergie, protection des consommateurs, questions vétérinaires, sécurité alimentaire, bien-être animal, l’innovation et propriété intellectuelles |
| Finances et Mobilité | fiscalité et lutte contre la fraude fiscale, circulation et transport, Euro Controle Route |
| Aménagement du territoire, Environnement et Climat | aménagement du territoire, protection de la nature et des paysages, environnement et climat |
| Affaires sociales, Santé publique, Enseignement et Sport | culture, enseignement, politique de la jeunesse, sport, tourisme, affaires sociales, travail frontalier et santé publique |
| Justice et Sécurité | justice, sécurité transfrontalière, coopération policière et circulation des personnes |
| Affaires étrangères | coopération avec d’autres pays, régions et structures de coopération régionales |
Des groupes de travail peuvent également être constitués.